Лучше: в образовательном органе.
Правильно: ежовые иголки, лосиные рога.
С лексической и грамматической точки зрения — допустимы оба сочетания. Содержательные же отличия двух речевых оборотов лучше всего обсуждать со специалистами, например с психологами.
Лучше: в основе сюжета романа...
Оба варианта верны.