КРОМЕ ТОГО, ЧТО, союз Придаточные предложения, присоединяемые союзом «кроме того, что», выделяются (или отделяются) запятыми. При этом запятая обычно ставится и перед союзом (перед словом «кроме»), и между его частями (перед словом «что»). Я тебе сказал, не дам ни копейки, кроме того, что будет следовать за работу. А. Фет, Осенние хлопоты. Вы думаете, что мне приятна эта резня? Кроме того, что она приносит всем ...

... Вы думаете, что мне приятна эта резня? Кроме того, что она приносит всем бедствие, она и меня лично обижает, она не дает мне доучиться. В. Гаршин, Трус....

...Кроме того, что...

А был ли мальчик? – выражение крайнего сомнения в чём-либо. Восходит к фразе «да был ли мальчик-то?» из романа Максима Горького «Жизнь Клима Самгина». В одном  из эпизодов романа рассказывается о катанье детей на коньках. Дети проваливаются в полынью, девочку спасают, а мальчику Клим бросает конец своего ремня, но затем, испугавшись, что и его затянет в воду, отпускает ремень. Мальчик тонет. Когда утонувшего ищут, Клим слышит чей-то недоверчивый голос: «Да ...

...А был ли мальчик? – выражение крайнего сомнения...

...А был ли мальчик?...