Это разные конструкции и разные значения предлога. Предлог по употребляется с предложным падежом при указании действия, события, после которого что-либо совершается: по завершении, по прибытии, по отъезде, по прилете. При обозначении пространства, места, на поверхности которого происходит какое-либо движение, предлог по употребляется с дательным падежом: по улице, по реке, по горе, по мосту, по проспекту.

Шестидесятые годы и в шестидесятых годах – об одном и том же периоде (с 1960 по 1969).

Лучше: по договору.

Здесь допустимы варианты: 1) словоформы про глагол, про тире и про дождик можно воспринимать как однородный ряд с повторяющимся союзом и, а в этом случае запятая ставится перед каждым из однородных членов: Про глагол, и про тире, и про дождик во дворе учат в школе...; 2) словоформы про глагол и про тире можно воспринимать как тесно связанную по смыслу пару, соединенную союзом и со словоформой про дождик, а в этом случае запятые не ставятся: Про глагол и про тире и про дождик во дворе учат в школе...

Предпочтительно: о подарках.

Верно: далее - филиал.

Плесневые грибы – корректное сочетание.

Правильно: про пиявок. Существительное пиявки используется как неодушевленное только в сточетании ставить пиявки.

В постановке кавычек нет необходимости.