Знаки препинания лучше расставить так: Люди часто сравнивают Колу и Пепси (ведь их вкус очень похож) и ломают голову: что выбрать?
Согласно академическому «Русскому орфографическому словарю», пепси — тоже существительное женского рода. Но можно понять, почему в речи возникает согласование по мужскому роду. Влияет внешний фонетический облик: пепси похоже на те несклоняемые существительные, которые под влиянием родового слова напиток могут согласовываться по мужскому роду.
Корректно без кавычек.