...В окруженье опавшей листвы. Стаи птиц она провожала, улетавшие (стаи) или улетавших (птиц)...
Поставленные Вами запятые нужны.
Вы написали правильно. В обоих случаях используется частица не.
Запятая нужна, чтобы выделить с двух сторон оборот с предлогом благодаря.
Установить, являются ли определения однородными, можно только в контексте. Слова в приведенных парах вне контекста могут быть восприняты как неоднородные, но в художественном тексте они могут сблизиться по значению и оказаться однородными.