нии
НИИ... – часть сложносокращенных слов, пишется слитно, напр.: НИИнефтегаз, НИИхимпром, НИИтеплоприбор, ГипроНИИполиграф, ГипродорНИИ
нии
НИИ, неизм.; м. [прописными буквами] Буквенное сокращение: научно-исследовательский институт. Работать в НИИ.