Паронимы различаются следующим образом. Бункерный соотносится по значению с существительным бункер. Бункеровочный соотносится по значению с глаголом бункеровать 'помещать в бункер'. Выберите нужный вариант в зависимости от того, какое значение требуется передать.
Да, запятая нужна.
Думаем, оптимальный вариант: НАК "Нафтогаз Украины". Нафтогаз - поскольку это собственное наименование, не имеющее аналогов в русском языке (у нас нет слова "нефтегаз").