Мацони - существительное среднего рода. Верно: прохладное мацони.
Вы хотите использовать эти слова применительно к мусорному контейнеру? В разговорной речи возможно: мусорка. О том, кто мусорит, - мусорник.
Это не однокоренные слова.
В данном случае можно поставить дефис, тем самым обыграв "железнодорожные" ассоциации. Но это будет именно индивидуальное употребление.
Корректно: сырье для мясо-и рыбоперерабатывающей промышленности.
Тире необходимо.