В русском языке давно существует целая группа слов, однокоренных со словом Молдавия: молавский, молдаване, молдаванка, молдаванский (к Молдавия и молдаване), по-молдавски, молдавско-российский и др. В нескольких из них ударение падает на гласный а. Появление нового названия Молдова не должно менять исторически и системно мотивированных норм произношения и написания.
Здесь нужно обратить внимание на склоняемость или несклоняемость названия. Если название в русском языке не склоняется, то согласование в роде определяется родовым словом (город, село, деревня...). Если название на -О склоняется, то род - средний.