Варианты лойяльность и лояльность отмечались словарями 1930-1940-х годов (например, есть фиксация в словаре Д. Н. Ушакова). Сегодня нормативно только лояльный, лояльность.
Оба варианта верны.
Эти фразы неравнозначны: лояльность сотрудников компании к чему-то или лояльность сотрудников к собственно компании.
Возможны оба варианта: с предлогом и без.