Думаем, кавычки уместны.
Верно: звонИт.
Правильно только звонит во всех значениях и контекстах.
Возможны оба варианта: колокол звонит и колокол звенит. При этом чаще говорят: колокол звонит.
Также наряду с колокольчик звенит можно сказать и колокольчик звонит. Однако чаще, действительно, говорят: колокольчик звенит.
Факультативно.
Оба сочетания возможны в разговорной речи. Нейтрально: набрать номер квартиры на домофоне, позвонить через домофон и др.
Фонема – это кратчайшая звуковая единица. Аллофон – конкретная реализация фонемы в том или ином слове. Например, в словах пат и патриот одна и та же фонема <а> представлена аллофонами [а] и [ъ].