В обоих предложениях при отсутствии паузы тире может не ставиться.
Запятая не нужна. О правилах обособления оборотов с непервообразными предлогами можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».
Дополнительные знаки препинания не нужны. Обратите внимание, что смысл оборота имела в своем развитии колоссальные периоды времени неясен, мы рекомендуем изменить формулировку.