Можно разобрать обоими способами.
Вы написали верно: не совсем обычный.
Запятая после поэтому не нужна.
Запятая после точнее нужна: Точнее, необычный.
Корректен второй вариант.
В сочетании не обычный учебник, она лечебник есть отношения противопоставления, которые и побуждают к раздельному написанию.