Напомним правило:

Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.

А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)

Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.

Толковый словарь под редакцией Д. Н. Ушакова, в котором фиксируются варианты написания слов, создавался в конце 20-х — начале 30-х годов ХХ века, когда письмо еще не было достаточно упорядочено. Авторы словаря отразили орфографическую неустойчивость своего времени. Уже в школьном орфографическом словаре примерно на 10 тысяч слов, первое издание которого вышло в 1934 году, Д. Н. Ушаков для каждого слова с неустойчивой письменной формой выбирает какое-то одно, наиболее перспективное написание. В 1956 году проводится унификация орфографии на словнике около 100 тысяч слов, выходит первое издание академического орфографического словаря. Современная норма безвариантна — пацифизм.