Нормы правописания фиксируют орфографические словари.
Орфографический словарь
Аффилировать - присоединять предприятие, фирму к другому, более крупному предприятию в качестве филиала.
Аффилировать - присоединять предприятие, фирму к другому, более крупному, родственному предприятию в качестве филиала.