Да, эти имена склоняются.

Следует писать с большой буквы: Уфа и Республика Башкортостан.

Ошибки нет. 

Такое употребление слова столица корректно. См. его толкование в словаре.

Согласно орфографическим правилам и словарной кодификации верно: Верховный суд Республики Башкортостан. Однако в «Справочнике по оформлению правовых актов в Администрации Президента Российской Федерации» зафиксировано написание Верховный Суд Республики Башкортостан. Это дает основание различать написание в официальных нормативных правовых актах и в других сферах.

Области, края, округа – административно-территориальные единицы. Республики же в составе России – это национально-государственные образования (т. е. своего рода государства в государстве). Например, согласно Конституции России, республики вправе устанавливать свои государственные языки. Поэтому слова республика в составе названия республики пишется с большой буквы – на основании правила о написании с большой буквы всех слов в официальных названиях государств.

Суффикс -ов- в составе этого топонима – показатель освоенности слова русским языком. Заимствованные, но уже освоенные наименования должны склоняться, как и исконно русские.  

Нормативно: города Октябрьского. В официально-деловой речи географические названия в сочетании с родовым словом часто остаются несклоняемыми (вопреки литературной норме). 

Слова Мнение... учитывается следует оформить как прямую речь. Этого можно избежать, если Вы добавите слово как: ...учитывается, как утверждают представители...

Женские имена на -ия, в которых я безударное, имеют в дательном падеже окончание И: Марии, Лилии, Виктории. Однако личные имена восточного и иного происхождения, оканчивающиеся на ударное я, имеют в дательном падеже окончание Е: Зульфия – Зульфие, Алия – Алие.