Возможны варианты написания. При отрицании важности слово пишется раздельно, при утверждении неважности написание слитное.
Целесообразно оформить часть предложения как вставку: При длительном отсутствии зубов — неважно, одного или нескольких, — нарушается пищеварение.
Что и как — это однородные придаточные части, каждая из которых состоит из одного слова. Такие части запятыми не выделяются. См. правило, пункт в.
Слитное написание корректно.