Конечно, можно. У существительного церковь два значения: 'религиозная организация; религия, проповедуемая такой организацией' и 'здание, в котором происходит христианское богослужение'.
Фундаментальная "Православная энциклопедия" фиксирует вариант с запятой.
В этимологическом отношении очень неясное слово, несомненно, заимствованное. По мнению одних этимологов (их большинство), оно заимствовано оно восходит к раннедревненемецкому, древневерхненемецкому или позднеготическому. Другие языковеды с большим основанием полагают, что источник заимствования – греческий язык, откуда это слово попало и в германские языки.
В принципе может быть вводным словом (и выделяться запятыми) и выступать в роли обстоятельства (и не выделяться запятыми). Постановка знаков препинания зависит от интонации и смысла.
После поэтому запятая нужна. Если слова как только возникла проблема относится к обеим следующим частям предложения, вторая указанная запятая не ставится. Если только к части церковь стала на него реагировать -- ставится.