Вы правы: корректно выражение приносить извинения кому-либо.
Сочетание в том числе используется для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части, например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В приведенном Вами предложении получается, что себя включается в понятие друг, а это выглядит абсурдно.
Слово новое и пока не зафиксировано в орфографических словарях, поэтому говорить о каком-либо одном варианте как корректном не представляется возможным.
Знаки препинания расставлены корректно.
Многозначное слово субъект при указании на человека приобретает грамматические признаки одушевленного существительного. Поэтому корректно: смотреть на субъекта.
Знаки препинания расставлены корректно. Сравним примеры из пункта 2 параграфа 38.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
Запятые расставлены корректно. Обособление оборота с предлогом благодаря в начале предложения факультативно, однако в данном случае запятую нужно поставить: очевидно, что словоформа бутылочки зависит от глагола использовать и не образует сочетания с существительными объём (сравним: объём бутылочки).
Представленные в словарях значения глагола думаться показывают, что сочетание корректно.
Существительное забор, обозначающее действие по глаголу забрать в значении 'взять', может употребляться в профессиональной, специальной речи. Это отмечено, например, в «Толковом словаре русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой (М., 1995). Процитируем фрагмент словарной статьи:
ЗАБРА'ТЬ, -беру', берёшь; -а'л, -ала', -а'ло; за'бранный; сов. 1. кого-что. Взять, захватить. З. свои вещи. Забрал детей и уехал <...> || сущ. забо'р, -а, м. (к 1 знач.; спец.). З. воды. З. пробы. || прил. забо'рный, -ая, -ое (к 1 знач.; спец.). Заборное устройство.
Как представляется, лучше использовать другую глагольную лексему в этом предложении. Воспользуемся словарными подсказками: слово аттестация обычно сочетается с глаголами проводить, проходить. От этой традиции не стоит отступать.