В данном случае слово заверяю действительно употреблено в значении вводного, оно служит для привлечения внимания адресата и требует выделения запятыми.

Интересующая Вас проблема решаема. В научном учреждении, которое обладает правом на экспертную деятельность, можно получить официальную справку о том, что отчество Никитович является вариантом (пусть и ошибочным с точки зрения грамматической нормы) отчества Никитич. О возможности изменения документов мы, увы, не знаем. 

Правильным будет вариант 2: При получении вы всегда можете проверить состав заказа, и, если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться. Союз и связывает две грамматические основы в составе сложносочиненного предложения — вы (первое) можете проверить и вы (второе) можете отказаться; часть если вам не подходит срок годности позиции — это придаточная часть внутри главной. Заметим, однако, что с коммуникативной точки зрения лучше разделить высказывание на два предложения: При получении вы всегда можете проверить состав заказа. Если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться.

Действительно, запятая в этом предложении не требуется. Заметим, однако, что если есть возможность отредактировать предложение, то можно сократить количество отглагольных существительных, заменив одно из них на деепричастие (кстати, тогда и запятая потребуется): Получив подтверждение о выпуске корректировочных счетов-фактур от ООО «РУМС», ООО «Лаванда» незамедлительно подготовит и передаст запрошенные документы в адрес ООО «ЛПРМ».

В этом случае постановка запятой факультативна.

Запятая не нужна. Нет оснований для ее постановки.

Мужская фамилия Рифель склоняется, женская – нет. Буква Ь здесь ни при чем. Важно, на какой звук заканчивается фамилия. Звук [л'] – согласный. Ср.: словарь В. И. Даля, быть благодарным Д. Э. Розенталю.

Правильно в тексте:  в филиале.

Лучше: в размере четырех миллионов рублей.