В этом предложении обстоятельство времени в одиннадцать часов вечера относится к первой части (автор мог решить выйти прогуляться и в момент остановки поезда, и позже — это не важно, важен сам факт такого решения), поэтому запятую перед союзом и нужно поставить.

Слово епископ пишется со строчной буквы: В 1314 году Прохор, епископ Ростовский и Ярославский, возвращаясь из Кирилло-Белозерского монастыря в Ярославль, остановился на ночлег на берегу Волги.

В этом предложении обстоятельство времени в дальнейшем относится к одному из однородных обстоятельств цели; чтобы показать это, лучше изменить порядок слов: Слушатели развивают навыки поиска и изучения источников, необходимых для изучения дисциплины и для самостоятельной научной работы в дальнейшем. Исходный порядок слов также возможен; в этом случае обстоятельство в дальнейшем приобретает значение попутного пояснения, а такие обстоятельства обособляются. Сравним подобные примеры в параграфе 20.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Дедушка остановился и, с помощью Мазана, набрал большую кисть крупных ягод (Акс.); Мы уже посадили последние хлебы в печь и, из боязни передержать их, не ложились спать (М. Г.).

Никаких отклонений от норм в этом предложении не наблюдается. Количество деепричастных оборотов нормой не регламентируется, оно ограничено только здравым смыслом: если перегрузить предложение, скажем, десятком деепричастных оборотов, оно будет плохо восприниматься или вообще не будет восприниматься. Но это относится не только к деепричастным оборотам.

Единственное, к чему можно (при очень большом желании) придраться, — это вид второго деепричастия. Сказуемое в предложении выражено глаголом несовершенного вида (обозначается длительный процесс), а оба деепричастия — совершенного вида. Первое из них воспринимается как обозначение действия, предшествовавшего основному (сначала затаил дыхание, затем наблюдает). Второе, поскольку оно тоже совершенного вида, также воспринимается как обозначение предшествовавшего действия: отметил и наблюдает. Но в таком случае не вполне логично то, что оно находится после основного сказуемого: должно бы тоже предшествовать. Позиция второго деепричастия объясняется тем, что ему подчинено изъяснительное придаточное, в котором заключен смысл, ради выражения которого в значительной мере написано и все предложение. Если переместить деепричастие вместе с придаточным в позицию слева от основного сказуемого, предложение станет читаться значительно хуже, а акцент на смысле придаточного пропадет. А оторвать придаточное от деепричастия не получится.

Раз второе деепричастие должно находиться все-таки справа от основного сказуемого. ближе к концу главной части, оно должно было бы обозначать действие, происходящее одновременно с основным; но в таком случае оно должно было бы иметь несовершенный вид (ср. с другим глаголом: ...наблюдал за серым зайчиком, удивляясь про себя тому, что даже зверек...). Однако удивляться можно продолжительное время, а отмечать про себя (что-то одно, и без значения повтора) — нет. В итоге автор предложения остановился на данном варианте — по-видимому, проигнорировав получившуюся шероховатость.

Запятая перед тире нужна, чтобы закрыть придаточную часть, которая начинается с союза чтобы. Впрочем, уместнее было бы поставить в этом месте точку и начать новое предложение: Очевидная уникальность формы и ее выразительность подтолкнули меня к тому, чтобы и прочие вкусы изобразить в той же стилистике. Я остановился на этой концепции, перестал искать дальше.

Мы не выполняем домашние задания. 

Да, прямую речь необходимо заключать в кавычки, вне зависимости от того, написана она кириллическими или латинскими буквами. 

Запятая перед союзом как, присоединяющим придаточное предложение как старшеклассник [нависает] над детсадовцем, нужна.

Существует устойчивый оборот остановился как вкопанный. В устойчивом обороте запятая не ставится. В Вашем предложении вместо глагола остановился используется синонимичный глагол замер. Запятую можно оправдать изменением состава устойчивого оборота, однако, на наш взгляд, замена на синоним не разрушает данный фразеологизм, значение его сохраняется, поэтому запятая все же не нужна.  

Придаточная часть сложного предложения не входят в состав деепричастного оборота.