Указанная запятая не нужна.
Да, нужно поставить запятую.
Запятая нужна. Она стоит между частями сложноподчиненного предложения.
Запятая перед почему не требуется, поскольку придаточное предложение состоит из одного союзного слова.
Запятая нужна на границе простых предложений в составе сложного.
Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Запятая перед почему не нужна.
Да, правильно с запятой.
