Правильно слитное написание не.
Оба варианта возможны в зависимости от контекста.
В обоих случаях следует писать слитно: примеры неустраненных нарушений, примеры нарушений с длительным сроком неустранения.
Корректное согласование: проконтролировано устранение нарушений.
Верен второй вариант: четыре... нарушения и более.
Запятая перед тире не нужна: что нарушение целостности кишечника – это следствие нарушения микрофлоры – придаточное предложение. Запятая ставится только перед ним.
Постановка запятой не требуется.
1. Сочетание выявить имущество неудачно. Возможен такой вариант: было обнаружено имущество на сумму...
2. Корректно: учреждениями устранены нарушения на сумму...
Правильно: из-за нарушения (кем?) рядом субъектов...
Лучше: не допускать возникновения конфликтных ситуаций.