Такие сокращения уместны как раз для книжных стилей — научного и официально-делового.

Да, пояснительный оборот выделяется парными знаками.

Корректны оба варианта.

Наша рекомендация: в текстах, не относящихся к финансовым и биржевым сводкам, знак денежной единицы предпочтительно ставить после цифр. Ставить знак валюты перед цифрой/суммой — традиция технического оформления специализированных текстов. См. также ответ на вопрос 246257. Сумму, обозначенную как $ 4,2 млн в специализированных текстах, в неспециализированных лучше передать как 4,2 млн долларов. 

Увы, ответа на интересующий Вас вопрос мы не нашли ни в одном из авторитетных источников. Более того, не урегулировано даже нормативное написание сокращения — прописными (МСК) либо строчными (мск) буквами. Такое  сокращение представляет собой особый тип, который можно назвать стяжением (как и в  общеупотребительных графических сокращениях типа млн, млрд), однако нормы его употребления не описаны ни в правилах орфографии, ни в нормативных документах. При этом в практике письма преобладает написание строчными буквами. Например: в каком-то регионе событие произошло в 14:40 мск (то есть в 14:40 по московскому времени). Однако написание прописными буквами (МСК) встречается в Федеральном законе «Об исчислении времени», где такое сокращённое обозначение употребляется в одном предложении совместно с обозначением UTC  (что, вероятно, повлияло на вариант написания). В таком контексте написание прописными буквами оправданно.

Таким образом, применяются два варианта сокращённого обозначения:

• МСК, если речь идёт о названиях часовых зон России или о применяемом местном времени в регионе относительно московского времени;
• мск как дополнение к числовым данным при необходимости указания текущего времени момента некоторого события по московскому времени.

Запятые не нужны: причинен ущерб на сумму превышающую 5 млн рублей. Определительный оборот не обособляется, если определяемое слово само по себе не выражает нужного смысла и нуждается в определении. Не имеет смысла сочетание причинен ущерб на сумму.

В официальных документах предпочтительно использовать цифровую форму записи чисел: 12 345 678 000. 

Запятая нужна, чтобы закрыть пояснительный оборот.

Обороты, состоящие из существительного с предлогом, в целом не нуждаются в обособлении. Однако в некоторых случаях эти обороты выполняют особую функцию. Например, сочетание по прогнозам ученых из приведенного Вами предложения относится к группе вводных конструкций, указывающих на источник сообщения, и, соответственно, должно быть обособлено. 

Стилистически нейтральна форма ед. числа.