Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения в случае если придаточная часть состоит из одного союзного слова (относительного местоимения или наречия): Не знаю почему, но я его не понимал (Триф.); Он ушёл и не сказал куда; Он обещал скоро вернуться, но не уточнил когда; Мать определяла температуру ребёнка губами: приложит их ко лбу и сразу определит сколько; Кто-то подал больному чашку воды, он даже не взглянул кто; Я не скажу какое, я говорю — большое несчастье.

В предложении "Командир, не хочу вам мешать, но позвольте я кое-что скажу?" слово "позвольте" не нуждается в обособлении.  

В этом сочетании подчинительный союз если не соединяет однородные члены предложения. В таких случаях запятая ставится только перед союзом (см. параграф 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Десятки, если не сотни воинов и их храбрый командир.