Сочетание ООО «Газпром добыча Надым», как поясняющую конструкцию, необходимо выделить парными тире: И в 2000 году проверенному дочернему предприятию, имеющему бесценный опыт освоения, — ООО «Газпром добыча Надым» — было доверено обустройство и разработка Бованенковского месторождения.

Да, это верно. Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указывает: «Недопустимы слитные написания с одной прописной буквой в середине слова». К сожалению, на практике эта норма часто нарушается, и названия некоторых организаций приходится писать так, как они закреплены в уставных документах, даже если это нарушает законы русской орфографии.

В официальных текстах единственно приемлемый вариант — сопровождать подобные названия родовым словом (тем самым «словом-классификатором»): между ООО «Газпром экспорт» и компанией N был заключен договор... Иные варианты слишком неформальны.