Вы правы в том, что произношение слова в языке-источнике является главным ориентиром при передаче его по-русски. Поэтому в настоящее время наметилась тенденция передавать английское «l» твердым русским согласным. Но это касается тех собственных имен, в отношении которых нет устойчивой традиции употребления, а там, где такая традиция есть, этого делать не стоит. Поэтому давайте оставим такие принадлежащие известным людям имена, как Вальтер, Гендель, Гумбольд, Линкольн и проч., в их устойчивом написании. Что касается фамилии Олкотт, то здесь вполне возможна и передача без мягкого знака. Ничего страшного, если одинаковые фамилии, но принадлежащие разным людям, будут передаваться неодинаково. Например, наряду с фамилией Вульф можно встретить и Вулф. Такое, кстати, может происходить и с русскими фамилиями, ср. Кузьмин и Кузмин. Но это относится преимущественно к собственным именам. Если же слово нарицательное и оно уже попало в словари, то менять его написание нецелесообразно.

Предложение требует редактирования, например: Как писал Чарльз Диккенс, «это лучшее и худшее из всех время». Глагол завещать имеет значение «передать (передавать) что-л. в наследство кому-л.», что не подходит для приведенного контекста; прямая речь не оформляется с помощью вводной конструкции.

Здесь дело не в правилах русского языка, а в сложившейся у нас традиции называть британских королей на немецкий манер. Предыдущие британские монархи с именем Charles у нас тоже назывались Карлами.

Запятые расставлены верно.

Лучше выбрать первый вариант: Остальных подростков зовут Лиам и Чарльз по прозвищу Пончик.

Запятая перед по прозвищу ставится или нет в зависимости от интонации. Дело в том, что приложение, присоединяемое словами по прозвищу, может выделяться запятыми, если нужно передать соответствующую интонацию. Если интонации обособления нет, запятая не нужна.

Мужская фамилия Лерой склоняется как нарицательное существительное герой: нет Лероя.

Если фамилия сопровождается мужским и женским именем, то она обычно сохраняет форму ед. ч.: Чарльз и Френсис Хантер.

К этой фразе есть сноска: Подразумевается мистер Чарльз Путер, напыщенный и вечно попадающий в нелепые ситуации буржуа, герой комического романа Джорджа Гроссмита (1847–1912) «Дневник ничтожества» (1892).

Верно: Чарлз Дарвин.

Правильно: ...Чарльзом Дарвином.

Английское имя Charles может передаваться на русский язык и как Чарлз, и как Чарльз. Часто написание обусловлено традицией, например английский писатель Диккенс – Чарлз, а американский ученый Хайдер – Чарльз. Имя принца Уэльского принято писать с мягким знаком: Чарльз. К сожалению, в доступных нам словарях и энциклопедиях это имя также не зафиксировано.