Как представляется, никаких сомнений и возражений не вызовет фраза сохранить файл в памяти телефона. Предложенные варианты используются в обиходной разговорной речи и иллюстрируют свойственную для нее лексическую неполноту, а следовательно, едва ли есть серьезные основания обсуждать их корректность с точки зрения норм литературной речи.

Корректно: пользоваться будильником на телефоне, скачать музыку на телефон, читать книги на телефоне (или с телефона). Предлоги в и на в русском языке часто конкурируют, но, как правило, предлог в связан с представлением о замкнутом пространстве. Поэтому во многих случаях возможны варианты: на телефоне (как на платформе, с помощью которой совершаются определенные действия, или на экране, на поверхности) и в телефоне (подчеркивается внутреннее устройство, «начинка» аппарата).

В значении "на экране телефона" (в разговорной речи) - на телефоне.

Верно: играть на телефоне,  играть во что-то на телефоне.

Верно:  одно входящее сообщение, одно входящее СМС-сообщение и (в разговорной речи) одну входящую эсэмэску.