В этом контексте можно использовать любой из приведенных предлогов.
Корректно: В связи с истечением срока, повторно прошу проинформировать думу города, был ли администрацией города направлен ответ заявителю, и предоставить копию ответа.
Вы правы, такой способ алфавитной сортировки (исключительно по согласным буквам) неупотребителен.
В официальной речи возможны оба варианта.
Правильно: по прилете.
Корректно: с 1984 по 1989 год.
Верен первый вариант.
Современная норма: по окончании. В XIX веке форма подобных оборотов была неустойчива. Ср. данные «Словаря языка Пушкина»: по окончанию (по окончании): По окончанию трудов, Петр вынул карманную книжку, дабы справиться, всё ли им предполагаемое на сей день исполнено. АП 11.38. По окончанию трагедии она была вызвана криками исступления Ж2 11.20. По окончании же войны Суворов получил повеление немедленно ехать в Москву ИП 76.8.
Запятые не требуются. Можно поставить тире после рыба.