В этих случаях нужно ориентироваться на фиксацию в «Академосе». Орфографическая работа в Институте русского языка им. В. В. Виноградова РАН идет непрерывно, ее результаты в электронном «Академосе» можно увидеть быстрее, чем в печатном «Русском орфографическом словаре». На Грамоте представлена электронная версия печатного «Русского орфографического словаря», поэтому те изменения, которые были внесены в «Академос» позднее, на Грамоте не отображаются.

Даже употребление творительного падежа не делает фразу грамматически безупречной. Увы, если в русском языке два глагола управляют разными падежами, то грамотно построить фразу можно, лишь прибегнув к повтору управляемого слова или к использованию местоимения. Но если вопрос ставится именно таким образом - какой падеж использовать, не перестраивая фразу, - то предпочтение следует отдать творительному падежу. 

«Поверил Я алгеброй гармонию»... Именно эти строки напомнил Ваш вопрос. Как известно, пьеса «Моцарт и Сальери» была опубликована в альманахе «Северные цветы на 1832 год». В первом издании фрагмент был представлен в такой графической версии:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила

   И въ голову пришли мнѣ двѣ, три мысли.

В 1838 году вышел в свет первый том полного (посмертного) собрания сочинений А. С. Пушкина, и в нем фрагмент сцены был представлен в измененном виде:

              Намедни ночью 

   Безсонница моя меня томила,

   И въ голову пришли мнѣ двѣ - три мысли. 

Без сомнения, вопрос о причинах пунктуационных изменений — это прежде всего вопрос к издателям. Как можно полагать, пушкинисты-текстологи знают ответ на этот вопрос. Нам же очевидно, что, вне зависимости от того, как был представлен фрагмент в последующих изданиях, пунктуационные нормы, зафиксированные в справочной литературе ХХ века, не могли быть учтены в веке девятнадцатом. 

Корректен первый вариант (без буквенного наращения).

Ваше замечание справедливо. Грамматически верно: поймал ежей, увидел галок. Это одушевленные существительные, винительный падеж у них в форме мн. числа совпадает с родительным.

Конечно, в поэтической речи возможны разного рода «неправильности», отступления от литературной нормы. Но здесь это отступление вряд ли оправданно. Лучше немного изменить стихотворение, и всё будет в порядке и с рифмой, и с грамматикой: Ходил он на охоту, поймал он двух ежей, Увидел он двух галок и маленьких чижей.

Cклоняются все компоненты составного количественного числительного, поэтому верны варианты под номером два.

Существительное сотрудник одушевленное, поэтому форма винительного падежа: (включить в план) трех сотрудников.

Слово «скорее» не требует постановки знаков препинания, если в предложении подразумевается сопоставление «скорее… чем», «скорее… нежели»: они больше боятся, нежели что-то иное.

Местоимение вы пишется с большой буквы при вежливом обращении к одному лицу в личных письмах, а также в официальных документах (заявления, служебные записки и т. д.). Никакой обязательности здесь нет: окончательное решение, с какой буквы писать это местоимение, всегда остается за автором текста. Главное, что нужно помнить: нельзя писать вы с большой буквы при обращении ко многим лицам. Это уже орфографическая ошибка.

Отвечая на вопросы, мы традиционно обращаемся к автору вопроса на вы с большой буквы, хотя ответы «Справочного бюро» – это не личные письма и не служебные документы. Но здесь дело в особенностях работы сервиса: ответ могут прочитать все, но при этом отвечаем мы одному человеку – тому, кто задал вопрос. В каком-то смысле это открытое, доступное всем личное письмо.

Если имеется в виду самостоятельно, своими силами, без чужой помощи выращенная продукция и собранные дикоросы, то слово в нормативном акте выбрано некорректно. У слова собственно нет значения, близкого к значению «своими силами», и толковые словари здесь главный аргумент.

Возможно, в нормативных актах имеется в виду что-то другое?