Да, совершенно верно. В таких ситуациях согласование по мужскому роду предпочтительно.

Употребление наклонной черты между союзами правилами правописания пока не регламентируется. В деловой речи предпочтительно использование скобок (напр.: Краткое перечисление основных помещений и (или) оборудования...). 

В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду (безотносительно к полу лица): ООО «Лютик», именуемое в дальнейшем «Исполнитель», и индивидуальный предприниматель Иванова Алла Петровна, именуемый в дальнейшем «Заказчик» (согласование: индивидуальный предприниматель... именуемый).

В других формах письменной речи (а не в безликой канцелярской) будет уместен женский род. Например, в газетном тексте: Индивидуальный предприниматель Иванова обратилась в суд с требованием...

В данном контексте корректно использовать определение, согласованное с именем лица: Гражданка Российской Федерации Иванова Анна Петрова, применяющая специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход», именуемая в дальнейшем «Исполнитель».

Правильно: согласно графику, согласно договору.

Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

Лексический состав номинации и его соответствие замыслу оцените самостоятельно, а что касается падежной формы конструкции после слова пользование, то корректен вариант договоров безвозмездного пользования закрепленными за организациями объектами собственности.

Такое употребление возможно (в знач. "по договору концессии").

Нужна запятая после компанию. Слово заказчик следует писать с маленькой буквы (если только это не условное наименование в тексте договора).