Корректно писать через запятую: по два, по три.
Правильно: по окончании (в значении "после чего-либо").
Стилистически нейтрально: идти по улице; дом, расположенный на улице...; жительница дома, расположенного на улице... Вариант дом по улице – канцеляризм.
Верно: цех по переработке и складированию.
Запятая не нужна.
Корректно: Проект разработан по чертежу, предоставленному заказчиком.
Корректно: нажатием на ярлык, находящийся на рабочем столе...
Слова по крайней мере в данном случае не обособляются: Дело в том, что по крайней мере для некоторых из нас... Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
В Бабьем Яре — рекомендация «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. На практике употребляются оба варианта, в том числе в художественной литературе и публицистике (но в романе Анатолия Кузнецова используется вариант в Бабьем Яре).
Верно: по штукатурным, малярным работам. Второй вариант встречается только в очень непринужденной разговорной речи.
Не вполне ясно, что имеется в виду под словами у нас открыт фронт работ. Возможно, предложение следует перестроить.
