Запятая факультативна, окончательное решение о ее постановке принимает автор текста. Но при этом практика письма показывает, что составной подчинительный союз из-за того что обычно расчленяется (т. е. запятая ставится между частями союза) и в начале, и в середине предложения. См. также «Справочник по пунктуации».

По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.

1. Корректно без запятых: внутримышечно два раза в день в течение 2–3 дней, применяют внутримышечно двукратно с интервалом десять дней между инъекциями.

2. Обособление оборота а в дальнейшем и передних возможно, если автор оценивает ее как присоединительную, т. е. вводящую дополнительную информацию, конструкцию.

Возможны варианты пунктуации. В этом предложении может не быть никаких знаков препинания (кроме точки в конце предложения). Но если автор хочет выделить слова даже на невысокой скорости, обратить на них внимание читателя, передать соответствующую интонацию, то он вправе обособить эти слова (запятыми, тире или скобками).

В самостоятельно употребляемых предложениях с отсутствующим сказуемым, не восстанавливаемым из контекста, может ставиться тире. Такие предложения расчленены паузой на два компонента — обстоятельственный и подлежащный. Однако при отсутствии паузы и логического ударения на обстоятельственном члене предложения тире не ставится. Окончательное решение о постановке тире принимает автор текста.

Нужно исходить из авторского замысла. Т. е. если автор написал раздельно, то он имел в виду одно, а если слитно, то другое. Это адекватное отношение к авторскому тексту, здесь, как нам кажется, проблем быть не должно.

Трудности возникают, только если такие конструкции становятся материалом для диктанта, контрольной.  

Это разные случаи. Охохонюшки пишется слитно, так как это новое слово, образованное от междометия ох-ох-ох при помощи суффикса.  Что касается протяжных гласных, то автор может использовать дефисы для обозначения протяжности гласных, как в слове Заму-у-учательно. Это делается для придания слову особой выразительности и для отражения особенностей произношения. 

Запятая перед союзом и не нужна, т. к. союз соединяет однородные сказуемые поднялась и вошла. Обстоятельство через казарменный коридор автор мог обособить, если бы посчитал, что эти слова содержат попутное пояснение. Но раз обособления нет, значит такого оттенка значения, по мнению автора, эти слова не имеют.

Вопрос шрифтового выделения слов и фраз в тексте не регламентируется справочниками по правописанию. В этом вопросе автор должен руководствоваться принципом уместности, например подумать о том, не затрудняет ли восприятие текста частое использование прописных букв. Возможно, для отражения эмоций персонажа будет достаточно некоторых экспрессивных слов и знаков препинания?