Слово доктор обозначает и врача, и ученого, в чем можно убедиться, если обратиться к толковым словарям русского языка (в частности, к словарям, размещенным на нашем портале). 

Если сказуемое выражено глаголом в форме прошедшего времени, а подлежащее отсутствует, то предложение следует квалифицировать как неполное двусоставное.

Действительно, запятая в этом предложении не требуется. Заметим, однако, что если есть возможность отредактировать предложение, то можно сократить количество отглагольных существительных, заменив одно из них на деепричастие (кстати, тогда и запятая потребуется): Получив подтверждение о выпуске корректировочных счетов-фактур от ООО «РУМС», ООО «Лаванда» незамедлительно подготовит и передаст запрошенные документы в адрес ООО «ЛПРМ».

Очевидно, исследуемые препараты представляют собой производные лимонной кислоты. Если так, то необходимо тире: Исследования инновационных препаратов — производных лимонной кислоты.

Поскольку основной принцип русской пунктуации структурный (формально-грамматический, синтаксический), запятая после второй части союза если... то всё-таки нужна: Если каждый выходной ты просто пытаешься плыть по течению, то, когда время уйдёт, останешься у разбитого корыта. На её необходимость в данном случае указывает возможность изъятия или перестановки придаточной части (на этом критерии акцентируется внимание в справочнике Д. Э. Розенталя по пунктуации), сравним: Если каждый выходной ты просто пытаешься плыть по течению, то останешься у разбитого корыта, когда время уйдёт.

Если это законченное предложение, то возможно только тире, так как в этом случае политика может быть только подлежащим, дело грязное — сказуемым, а запятая между подлежащим и сказуемым не ставится. 

Если рассматривать это бессоюзное сложное предложение без контекста, то можно сказать, что в нём наиболее уместно двоеточие, выражающее изъяснительные отношения. Возможно, в контексте содержатся аргументы в пользу иного решения.

Так как слово кабинет уже фиксируется словарями в значении 'орган власти в государстве; то же, что правительство или его часть', 'состав министров, входящих в правительство' и при этом как усеченное официальное название пока не используется (ср. Дума наряду с Государственная дума), корректно написание со строчной буквы, если в тексте фраза воспринимается однозначно: В этом году будет сформирован кабинет. Если же возникает двусмысленность, то лучше использовать полное название Кабинет министров. 

Если элементы перечислительного ряда расположены в строку, после каждого из них ставится запятая — согласно правилу об однородных членах предложения. Если каждый элемент начинается с новой строки, после каждого из них ставится точка с запятой — согласно правилам оформления перечней.

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло.