Такое ударение – Иешуа – фиксирует «Энциклопедия литературных героев» (М., 1997).

Прежде всего отметим, что словосочетание правила русского языка не вполне корректно: о правилах можно говорить применительно не к языку, а к правописанию (правописание и язык – не одно и то же, хотя в школе на уроках русского языка учат главным образом правильному письму, поэтому у многих и создается впечатление, что изучение языка – это изучение правил орфографии и пунктуации). Применительно к языку следует говорить о нормах – в данном случае (если речь идет о роде слова кофе) нормах грамматических. Нормы фиксируются словарями и грамматиками, и фиксация нормы, разумеется, всегда вторична: не «так говорят, потому что так в словаре», а «так в словаре, потому что так говорят».

Главная особенность нормы – ее динамичность. Если в языке ничего не меняется, значит язык мертв. В живом языке постоянно рождаются новые варианты и умирают старые; то, что вчера было недопустимо, сегодня становится возможным, а завтра – единственно верным. И если лингвист видит, что норма меняется, он обязан зафиксировать это изменение. Появление в языке новых вариантов, действительно, приводит (со временем, иногда спустя очень долгое время) к их фиксации в словарях – это не «подгонка правил под ошибки», а объективная фиксация изменившейся нормы; по словам известного лингвиста К. С. Горбачевича, научная деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований». В то же время словари, в которых зафиксированы языковые варианты, должны выполнять нормализаторскую функцию, поэтому в них разработана строгая система помет: какие-то варианты признаются неправильными, какие-то допустимыми, а какие-то – равноправными. И это, пожалуй, самое сложное в работе лингвиста–кодификатора: определить, какие варианты сейчас можно считать допустимыми, а какие – нет. Эта работа, разумеется, всегда вызывала и будет вызывать критику, поскольку язык – это достояние всех его носителей и каждого в отдельности.

Таким образом, фиксация новых вариантов, ранее признававшихся недопустимыми, – это не самоцель для лингвиста, а его обязанность, часть его работы (не случайно В. И. Даль писал: «Составитель словаря не указчик языку, а служитель, раб его»). Вместе с тем лингвист обязан отделить правильное от неправильного, нормативное от ненормативного и дать рекомендации относительно грамотного словоупотребления (т. е. все-таки стать указчиком – для носителей языка). Критериев признания правильности речи, нормативности тех или иных языковых фактов несколько, при этом массовость и регулярность употребления – только один из них. Например, ударение звОнит тоже массово распространено, но нормативным в настоящее время не признается, поскольку такое ударение не отвечает другим критериям, необходимым для признания варианта нормативным. Хотя очень вероятно, что  со временем такое ударение и станет допустимым (а через пару столетий, возможно, и единственно верным).

После этого долгого, но необходимого предисловия ответим на Ваш вопрос. Употребление слова кофе как существительного среднего рода сейчас признается допустимым в непринужденной разговорной речи. На письме (а также в строгой, официальной устной речи) слово кофе по-прежнему следует употреблять как существительное мужского рода – такова сейчас литературная норма.

Этимологический корень в слове лягушка ― ляг- (от лягать). Земноводное получило название по способу передвижения прыжками.

Словарь А. Н. Тихонова отражает словообразовательные связи слов в современном языке. По мнению автора, слово лягушка утратило семантические связи с корнем ляг-, а основа лягуш- стала непроизводной и включает корень лягушк-.

В форме множ. числа род. падежа лягушек употребляется вариант с гласной е. Чередование «е // ноль звука» часто встречается при формо- и словообразовании в русском языке.

Слова лягушонок и лягушачий образованы от слова лягушка при помощи суффиксов: лягушк-а → лягуш-онок, лягушк-а → лягуш-ач-ий. В процессе словообразования происходит усечение производящей основы лягушк-.

Подробнее о процессах, служащих для взаимоприспособления морфем в производном слове, см. справочник Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников»: https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/russkij-yazyk-kratkij-teoreticheskij-kurs-dlya-shkolnikov/sredstvo-i-sposob-slovoobrazovaniya.

Правилен такой разбор: [Дома мой гость сразу начал мне жаловаться], (что (пока он ехал ко мне), то заблудился в лесу и вынужден был заночевать в сторожке лесника). В этом предложении три части.

В бытовой речи, пожалуй, такой оборот возможен, однако в любых других (назовем их официальными) случаях мысль о том, что стоит ограничиться необходимой и достаточной информацией, не содержащей избыточных сведений, следует выразить иначе.

Постановка определения после определяемого существительного – разновидность инверсии. Инверсия – это стилистический прием, состоящий в такой перестановке членов предложения, которая нарушает их обычное (стилистически нейтральное) расположение. См.: Культура русской речи: Энциклопедический словарь-справочник. М., 2003.

Выделенные слова соответствуют стилю предложения. Если стремиться уйти от канцелярского стиля, то нужно исправлять все предложение. Предлагаем такой вариант: Если нарушены условия хранения и повреждена кожура, то в овоще могут размножаться бактерии. 

Паронимы различаются следующим образом. Бункерный соотносится по значению с существительным бункер. Бункеровочный соотносится по значению с глаголом бункеровать 'помещать в бункер'. Выберите нужный вариант в зависимости от того, какое значение требуется передать.

ЗОНТ, -а; м.
1.
Приспособление в форме гриба для защиты от дождя или солнца отдыхающих на пляже, работников уличной торговли и т. п.; навес, тент такой формы. Расположиться, торговать под зонтом. Полотняный, цветастый з.
2.
=Зонтик. Женский, мужской з. Дождевой з. Закрыть, раскрыть з. < Зонтовый, -ая, -ое. З-ая ручка.

ЗОНТИК, -а; м.
1.
Ручной зонт (1 зн.). Идти под зонтиком. Выйти из дома с зонтиком. Складной з.
(со складывающимися спицами и ручкой). Автоматический з.; зонтик-автомат
(раскрывающийся при нажатии).
2. Ботан.
Соцветие, состоящее из нескольких цветков на цветоножках, расходящихся лучами от верхушки стебля. З. простой, сложный. З. укропа. < Зонтичный (см.).