Нужно писать раздельно. Вот общее правило на этот счет:

"Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Например, следует писать: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области; то же в парных конструкциях с полу: полудеревни — полу дачные посёлки, полусанаторий — полу дом отдыха, полупародия — полу литературный фельетон, полуясли — полу детский сад".

Если точнее, то согласование по форме мн. ч. всегда происходит с определением: эти полпирожка, эти полкомнаты. При подлежащем, выраженном сложным словом с пол-, не имеющим при себе определения, глагол-сказуемое имеет обычно форму ед. ч.: Пройдет/прошло полгода.

При наличии определения здесь нормальна форма мн. ч.: Прошли долгие полгода. Определяющее прилагательное или причастие при словах типа полчаса, полверсты, полжизни всегда получает форму мн. ч.: томительные полчаса, последние полверсты, прожитые полжизни.

«Эти особенности определяются сосуществованием в сложных словах с пол- признаков слова и словосочетания с числительными типа два 0.05320048527616711="55">часа, 0.05320048527616711="56">три 0.05320048527616711="57">ведра, 0.05320048527616711="59">две дюжины» – пишут авторы «Русской грамматики» (М., 1980).

Мы обратились за консультацией к автору "Большого толкового словаря русского языка" С. А. Кузнецову. Вот его ответ:

В бумажном издании БТС 4 зн. слова роспись было указано так:

Роспись. 4. Разг. =Подпись.

Посмотрите, это ваша р.? На документе не хватает чьей-л. росписи.

В последующих изданиях я изменил отсылочное толкование на более точное (на мой взгляд). Ср.:

Роспись. 4. Собственноручная надпись на документе, удостоверяющая ознакомление с его содержанием, скреплённая подписью (2 зн.).

Посмотрите, это ваша р.? На документе не хватает чьей-л. росписи.

В такой интерпретации это значение утрачивает разговорную коннотацию.

Подчеркнем, что такова точка зрения конкретного (хотя и весьма авторитетного) лингвиста. 

С Вами трудно не согласиться. Однако авторы Академоса мотивируют свое решение так: «Первые части на -о, -е могут быть интерпретированы различно: и как сокращения слов (например, кофемашина — кофейная машина) в соответствии с принятым выше пониманием сложносокращенных существительных, и как первые части сложных существительных с соединительной гласной (кофемашина; см. § 9), и как первые части сочетаний существительных с приложениями (кофе-аппарат; см. § 10, п. 3). Рекомендуемое академическим "Русским орфографическим словарем" слитное или дефисное написание слов такого типа определяется сложившейся традицией». Узус действительно подтверждает бо́льшую распространненность слитного написания кофемашина. Однако мы рекомендуем дефисное написание кофе-бот.

Авторы статей в газете «Санкт-Петербургские ведомости» используют окказиональное прилагательное, или, иными словами, индивидуально-авторское производное слово. Это сложное прилагательное более никем не употребляется (нам, во всяком случае, подтверждающих примеров найти не удалось). В профессиональной речи между тем встречаются сложные прилагательные с основой силикат: силикатно-полимерный (состав), силикатно-фосфатный (материал), силикатно-эмалевое (покрытие), силикатно-щелочной (электролит), силикатно-никелевые (руды), силикатно-карбонатный (сорбент), сульфидно-силикатное (расслоение), карбонатно-силикатные (минералы), сульфидно-силикатно-карбонатная магма. Очевидно, что в сложных прилагательных соединены основы наименований материалов. Особое место среди производных занимает сложное прилагательное силикатно-строительный, но и здесь необходимо сделать оговорку: чаще используется не сложное прилагательное, а двусловная комбинация силикатный строительный (материал).

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Мягкий знак, действительно, выпадает при образований отчеств от имен, которые оканчиваются на мягкий согласный. Это норма языковая, но не юридическая. Юридических оснований для отказа в постановке мягкого знака в отчестве, насколько нам известно, нет (и приводимые Вами примеры об этом свидетельствуют).