Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.

Ваши замечания справедливы. Спасибо!

Первое сочетание можно написать и в кавычках, и без: рукава «летучая мышь» и рукава летучая мышь. Выбор может быть обусловлен тем, знакома или нет предполагаемая читательская аудитория с различными фасонами рукавов, знакомо ли ей сочетание летучая мышь как термин. Второе сочетание лучше писать через дефис как определяемое слово и согласованное приложение: рукава-фонарики.

Строгой литературной норме отвечает ударение на сносях (некоторые словари отмечают еще вариант на сносе); здесь употребляется слово снос (от глаг. снести – сносить). Но такое ударение явно противоречит узусу, т. е. общепринятому употреблению (о словарной рекомендации на сносях знают, вероятно, только специалисты по фонетике). Поэтому ряд словарей фиксирует принятый в узусе вариант на сносях.

1. Корректно написание со знаком тире: врач — аллерголог-иммунолог. Однако в приведенном Вами примере 1 тире отделило бы конструкцию главный внештатный детский специалист  от конструкции Министерства здравоохранения, что нарушило бы логику и грамматику высказывания; в приведенном Вами примере 2 тире возможно. 

2. Победителем стал Иванов В.В. — ученик Горно-Алтайской детской школы искусств. 

В этих глаголах -ать - не окончания. Гласный А - это гласный основы инфинитива глагола. При этом следует знать, что существует ограниченное количество вариантов глагольных основ (инфинитива и настоящего времени), на них и следует ориентироваться при объяснении спряжения в русском языке носителям иностранных языков.

См. также: http://rusgram.narod.ru/1549-1561.html

Само по себе слово непременно не требует постановки знаков препинания.

В данном случае пунктуация зависит от строя предложения. Если непременно относится к глаголу и выступает в роли обстоятельства (Я непременно вернусь туда), то запятая не нужна. Если это сложное предложение ("Ты думаешь вернуться?" — "Непременно, я вернусь туда".), то запятая ставится между его частями.

Это правило связано с тем, что в данных случаях текст представляет собой отдельную смысловую единицу, которая не требует указания на завершенность с помощью знака препинания. В конце письма, когда пишут «С уважением» и следует подпись, точка также не ставится, так как это часть формального обращения, которое не является самостоятельным предложением.

1. Предложенные Вами варианты переноса одинаково правильны. 

2. «Технические правила набора и верстки» разрешают в газетных, информационных изданиях и изданиях оперативной полиграфии разделять числа, соединенные знаком тире (1976–1980), при этом тире должно оставаться в первой строке. (См.: Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора (М., 2014. Приложение 14.)

Думаем, можно написать так: И погибшие мы, но не ставшие памятью, оставались один на один со своею судьбой...

О прямой речи. Тире после прямой речи ставится как знак последующих слов автора. Если же начинается новое предложение с новой строки, тире ставить не нужно. Знаки запятую и тире нужно оставить на одной строке.