Оба варианта могут быть верными в зависимости от контекста.
Запрета на такой перенос нет.
Запятую не нужно ставить, поскольку две части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией.
Лучше так (с точки зрения пунктуации): Благодарность за многолетнее действенное и плодотворное сотрудничество. Со смысловой точки зрения слова действенное и плодотворное дублируют друг друга, что-то нужно убрать.
Да, название компании заключается в кавычки и склоняется (если представляет собой склоняемое слово): я работаю в «Моторе».
Если Вы хотите разобраться в терминах грамматики, Вы можете обратиться к разным источникам на нашем портале. Например, к школьному учебнику Е. И. Литневской:
На наш взгляд, наиболее корректный вариант: места ожидания в очереди на представление и получение документов.
