Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

В подобных случаях рекомендуется (при условии, что для этого есть технические возможности) использовать кавычки разного рисунка: ООО «ПКФ "Линта"», Акционерное общество «Судоремонтный завод "Красные Баррикады"». Если же такой технической возможности нет, то закрывающие кавычки ставятся только один раз. Кавычки одного рисунка рядом не повторяются. Допустимый вариант: ООО "ПКФ "Линта", Акционерное общество "Судоремонтный завод "Красные Баррикады".

Изначально вариант имени Наталия был церковным, а Наталья – светским, разговорным (ср.: Алексий и Алексей). Сейчас Наталия и Наталья считаются вариантами одного и того же имени (см.: Суперанская А. В. Словарь русских личных имен. М., 2004). Орфографически оба варианта верны, но желательно, чтобы написание в документах конкретного человека было единообразным, это важно с юридической точки зрения.

Название не склоняется в сочетании с родовым словом: в аэропорту Домодедово (названия аэропортов рекомендуется писать без кавычек). Если же родового слова нет, то нормативны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Домодедове и в Домодедово. При этом склоняемый вариант соответствует строгой литературной норме (и рекомендуется, например, для речи дикторов). Подробнее см. в рубрике «1toponimy/">Азбучные истины».

Вариант пунктуации: В связи с вышеизложенным и для обеспечения своевременной сдачи двигателей в сборе 21300100026000 (18 шт.) и 21300100026022 (2 шт.) в запасные части по плану июня 2012 года прошу Вас разрешить отпуск данных двигателей со склада 39184 на склад 29582 по ранее существовавшей схеме с регистрацией в ИС «КХП» текущего дня и
ИС «Охрана».

У прилагательных такого типа обычно выбирается вариант с усеченной (бессуфиксальной) первой основой (если он есть). Так, «Русский орфографический словарь» РАН (4-е изд. М., 2012) фиксирует: испаноязычный (не испанско-), украиноязычный (не украинско-), англоязычный и т. д. Но: русскоязычный (нет варианта с усеченной основой). Поэтому корректно: эстоноязычный, узбекоязычный, киргизоязычный. Но: латышскоязычный (нет варианта с усеченной основой).

Склонение мужской фамилии Авдеёнок обязательно. Фамилию можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Авдеёнка, Авдеёнку и т. д.) и с сохранением гласного (Авдеёнока, Авдеёноку и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии.

Это слово пока не зафиксировано в нормативных словарях русского языка, поэтому нет «правильного» и «неправильного» варианта. Слово продолжает осваиваться языком. Что касается ударения, общая закономерность такова: перенос ударения на окончание — признак освоенности слова. Чем понятнее и привычнее слово говорящему, тем больше вероятность, что он будет использовать вариант тинты́, тинто́в.