Между такими определениями также возможно образование тесного смыслового единства, например: Прибрежная полоса, пересечённая мысами, уходила и в ту и в другую сторону (Сем.).

Запятая перед союзом если нужна: в этом предложении он не имеет второй части то.

Наличие противопоставления требует раздельного написания: совершенно не крупные, а мелкие ягоды. При подчеркивании отрицания раздельное написание сохраняется и в контексте наречий степени (совершенно, абсолютно, исключительно и др.).

В этих предложениях придаточная часть усечена до одного союзного слова. Запятая в этом случае не нужна: Можете уточнить почему?; Я не знаю где; Я не уверен откуда.

Вы правы, это краткое причастие, а краткие причастия пишутся раздельно с отрицанием не.

В этом контексте употребляется частица не: чего только в ней не было...

1. Действительно, повторения двоеточий в одном предложении следует избегать, и если в предложении возникает необходимость в постановке двух двоеточий, то одно из них заменяют тире. Такая замена допустима правилами — см., например, примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Добавим, что в данном случае вполне возможно разделить одно предложение на два: Мария слышит, что её вопросы даже звучат глупо. Она прекрасно знает брата: тот никогда бы не опустился до лжи, если бы не крайние обстоятельства.

2. Тире здесь, как и в предыдущем примере, допустимо, но двоеточие предпочтительно. Кроме того, возможна постановка запятой, потому что слово ведь в таком контексте может рассматриваться не только как частица, но и как союз. Если оставлять тире, то перед ним нужно убрать запятую: в этом случае для ее постановки нет оснований.

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло. 

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир.