Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется.
Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал.
КАК НИ В ЧЁМ НЕ БЫВАЛО, наречное выражение
Не требует постановки знаков препинания.
Он буквально расцвел на глазах и уже через два-три часа как ни в чём не бывало принимал гостей. А. и Б. Стругацкие, Жук в муравейнике. Генерал в разорванном мундире приблизился к императору и как ни в чём не бывало продолжал докладывать с прерванного места... Б. Окуджава, Свидание с Бонапартом.
Тире факультативно (необязательно). Обычно тире не ставится, когда между подлежащим и сказуемым, выраженными существительными, стоит отрицание не. Но интонационное тире возможно.
Не с причастием пишется слитно, если у причастия нет зависимых слов; в противном случае верно раздельное написание. Ср.: непоступившие абитуриенты – не поступившие в вуз абитуриенты.
Запятая нужна: Атмосфера, конечно, была не из приятных, и никто из жителей города даже не думал сделать что-то полезное.
Запятая перед союзами и, да (в значении «и»), или, либо не ставится, если соединяемые ими предложения имеют общий второстепенный член или общее придаточное предложение.
Верно: Я не вижу радости.
Раздельное написание частицы корректно.
Раздельное написание корректно.
Предпочтительно слитное написание (если нет четких оснований писать раздельно).
