Настоятель и иерей — неоднородные приложения к имени (должность и степень священства соответственно); обособление какого-либо из этих компонентов не требуется: Настоятель храма Ильи Пророка иерей Константин Воронов принял участие в торжественном событии.

В этом случае запятая перед чем также не нужна, так как оборот с этим союзом не имеет значения сравнения. Сравним: Мы встречали вас реже, чем его (имеются два объекта сравнения, запятая ставится).

В слове конфеточка суффикс -очк-.

Уменьшительно-ласкательный суффикс -очк- имеет такое же уменьшительно-ласкательное значение, как и суффикс -к-, ср.: конфет-очк-а, справ-очк-а, ваз-очк-а, лент-очк-а и т. п.; берез-к-а, шуб-к-а, гор-к-а, птич-к-а и т. п.

Фамилия Пурей склоняется, если принадлежит мужчине. Мужские фамилии, которые на письме кончаются буквой й, склоняются как существительные второго склонения мужского рода, т. е. имеют в творительном падеже окончание -ем: Пуреем, Хемингуэем, Гайдаем.   

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве», а потому оборот с этим союзом не обособляется: ...результаты, полученные автором как одним из исполнителей государственной программы при выполнении научных работ...

Деепричастие алея, образованное от глагола алеть, входит в состав современного русского литературного языка (как и деепричастие краснея от краснеть). Например: Снежные короны сияли по-прежнему, алея в закатных лучах. И. Ефремов, Лезвие бритвы.

Оба варианта правильны. Они имеют разный смысл: в первом подчеркивается противопоставление (день был трудным, однако при этом он был и интересным), во втором противопоставление отсутствует. Какой смысл выразить — решает автор текста.

Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.

В значении 'служащий иллюстрацией, богатый, изобразительный' в русском языке используется прилагательное иллюстративный. Слово иллюстрационный имеет значение 'относящийся к иллюстрации' и употребляется, например, при противопоставлении текстового материала и иллюстрационного.

Глаголы управлять, руководить, администрировать не имеют видовых пар совершенного вида, которые могли бы употребляться в рамках литературной нормы. Единственный выход — использование тех самых «громоздких формулировок», о которых Вы пишете.