Возможно и слитное, и раздельное (при интонационном подчеркивании отрицания) написание.
Пунктуация верна, но стилистически фраза неидеальна.
Да, запятую лучше поставить, в противном случае читателю будет непонятно, относится ли слово "предприятием" к предшествующим или последующим словам.
Второе не не нужно, иначе смысл предложения будет очень странным.
Запятая перед как не требуется.
По правилам в сложносочиненном предложении при наличии общего второстепенного члена запятая между частями не ставится перед одиночным союзом и. Если же союз повторяется, то запятая перед ним ставится. Таким образом, знаки препинания здесь ставятся так же, как между однородными членами предложения: При сильном ветре гнутся деревья, и качается трава, и по реке бегут волны.
Если по условиям соревнования или конкурса звание присваивается только одной компании, то верно: самой интеллектуальной.
