Запятая не нужна. Не обособляются одиночные деепричастия, непосредственно примыкающие к глаголу-сказуемому и близкие по функции к наречиям образа действия. Очень часто такие деепричастия можно заменить сочетанием предлога с существительным, ср.: поздравил с улыбкой.

Корректно: Вы непохожи на него (непохожи — краткое прилагательное; при отсутствии подчеркнутого отрицания предпочтительно слитное написание); Непохоже, что тебе хорошо (похоже — наречие в функции сказуемого, при отсутствии подчеркнутого отрицания предпочтительно слитное написание). 

Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.

Нет, слова тем самым вводными не являются и не обособляются. В очень редких случаях, когда тем самым выступает в функции союза, перед ним ставится запятая: Нагрубил женщине, тем самым поставил себя в неловкое положение.

В этом предложении как в аптеке — сравнительный оборот, употребленный в функции сказуемого. Поэтому запятая не нужна, но перед словом как возможно тире. Ср.: В море синем, как в аптеке, все имеет суть и вес...

Нет, слова тем самым вводными не являются и не обособляются. В очень редких случаях, когда тем самым выступает в функции союза, перед ним ставится запятая: Нагрубил женщине, тем самым поставил себя в неловкое положение.

Если речь не идет о диалоге, где каждая реплика начинается с абзаца, то строгих правил нет. Подробно о делении текста Вы можете прочесть, например, в книге Н. С. Валгиной "Теория текста" (глава "Функции абзаца").

Обобщающее слово должно быть тем же членом предложения, что и перечислительный ряд. В данном случае дело обстоит иначе: существительное основаниями играет роль именной части сказуемого (основаниями стали), а осуществление, несоблюдение, управление выполняют функции подлежащих.