Здесь оттого пишется слитно: Мне не по себе оттого, что ты будешь возвращаться домой одна так поздно.
Запятая ставится, поскольку сочетание бедные девочки — поясняющее приложение к местоимению-подлежащему они. Это сочетание невозможно рассматривать как вводную конструкцию, потому что вводные конструкции не называют, даже оценочным образом, предметы, лиц и т. д.
Можно склонять многие русские топонимы (Останкино, Медведково), но на заимствованные топонимы это правило не распространяется: из Токио, из Осло (а не из Осла!). Подробно об этом читайте в "Письмовнике" на нашем портале.