Запятая ставится.
Да, выражение тавтологическое.
Можно оплатить счет, заплатить по счету.
Правильно: заплатить за проезд; оплатить проезд.
Верно: в течение трех дней.
Запятая не нужна.
Все три варианта корректны. Выбор может зависеть от ситуации и контекста.