Приведенное Вами выражение новое, оне пока не является общеупотребительным, его можно охарактеризовать как жаргонное, поэтому о норме в отношении него говорить пока рано.  

Прошли экспертизу запасы или материалы? К чему относится "на 1 января" - "запасы на 1 января" или "прошедшие на 1 января"? В зависимости от ответов на эти вопросы нужно решить, где закрывать причастный оборот и как строить фразу.

Фраза некорректна. Экспертиза – это рассмотрение какого-либо вопроса экспертами для вынесения заключения (медицинская экспертиза, судебная экспертиза, отправить на экспертизу). Вероятно, в приведенном Вами примере экспертиза –  это калька с английского: английское expertise имеет значения 'опыт, знание дела; квалификация; компетентность; умение, мастерство'. Но по-русски так сказать нельзя, в русском языке у слова экспертиза таких значений нет.

Запятая не нужна. Предлог согласно управляет дательным падежом: «Экспертиза документов» согласно договору № 2345.

Оба варианта не соответствуют литературной норме.

На Ваш вопрос ответят в Институте русского языка им. В. В. Виноградова РАН.