В сочетании кофе арабика не нужны кавычки и прописные буквы.
В этом сочетании, приведенном без контекста, запятая перед деепричастным оборотом представляется необходимой по общему правилу.
Кавычки возможны. О различных условиях постановки кавычек см. в «Письмовнике».
Нужна запятая после слова повреждения.
Женскую фамилию Дерев склонять не следует.