Да, слова наконец и наконец-то в данном случае обособлять не нужно.
Это задание можно выполнить с помощью «Большого толкового словаря русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. См. здесь.
Это не вводная конструкция. Однако этот оборот обособляется, если имеет значение причины ("так как он был честным человеком, он рассказал...").
Новых правил нет, скорее можно говорить о неустоявшейся норме, которую отражают и противоречивые рекомендации в лингвистических источниках. «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской предлагает склонять русские, славянские и освоенные названия городов, рек, сел, деревень, поселков, хуторов, если эти названия не оканчиваются на гласные -о, -е, -и, -ы. В соответствии с этой рекомендацией сочетание жительница поселка Смидовича не ошибочно. В то же время в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской говорится, что географические названия обычно не склоняются в сочетании с термином поселок (кроме тех случаев, когда название выражено прилагательным: в поселке Володарском).
Общая же тенденция такова: географические названия в сочетании с родовым словом постепенно перестают склоняться. У Пушкина было: «История села Горюхина», сейчас норма – не склонять такие названия в сочетании с географическим термином. В разговорной речи круг сочетаний с приложением, в которых топоним не склоняется, очень широк; на письме (в образцовой литературной речи) склонение, отвечающее строгой литературной норме, стараются сохранять.
Несмотря на то что – составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться, в этом случае запятая обычно ставится и перед союзом (перед словом «несмотря»), и между его частями (перед словом «что»). Однако если логическое ударение падает не на глагол происходит, а на первую часть составного союза, запятую перед ним лучше не ставить.
Запятую можно поставить, если рассматривать слова в семье инженера и врача как присоединительный оборот (содержащий попутное пояснение).
После последнего однородного члена предложения, присоединяемого противительным или подчинительным союзом и не заканчивающего собой предложения, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: С позиции не писателя, а читателя книга удалась.
Союз оттого что можно заменить синонимичным союзом потому что. Запятая может ставиться перед союзом или между его частями. Ср.: я счастлива оттого, что он сказал мне эти слова / я счастлива, оттого что он сказал мне эти слова (= я счастлива потому, что он сказал мне эти слова / я счастлива, потому что он сказал мне эти слова) – многое зависит от того, что он скажет (здесь сочетание предлога с местоимением от того, заменить союзом потому что невозможно, запятая может быть поставлена только перед что, на что падает ударение).
В приведенном Вами примере используется союз оттого что.
Слова как духовным, так и физическим нужно выделить с двух сторон (возможно выделение запятыми, тире или скобками). Остальные знаки поставлены правильно.
Одна запятая будет ошибкой. Оборот отмеченное Вами надо или выделять с обеих сторон, или не выделять вовсе. Обычно определительный оборот, стоящий после определительных, указательных и притяжательных местоимений, тесно примыкает к ним и запятыми не выделяется. Но если оборот имеет характер пояснения или уточнения, то он обособляется. Окончательное решение – за автором текста.