В подписи к письму верно:
С уважением,
Иван Иванов.
Названия должности и ученой степени не являются однородными приложениями, если стоят до имени собственного, например: директор завода д-р экон. наук Петров. Но в позиции после имени собственного они становятся однородными: Петров, директор завода, д-р экон. наук.
Нет, название должности генеральный директор пишется со строчной буквы.
Это неоднородные приложения, их не требуется разделять запятыми. Однако в предложении, в связном тексте одни приложения могут пояснять другие, и в этом случае будет уместно тире перед пояснительной конструкцией: Об этом рассказал организатор фестиваля — директор креативного бюро «Энгиро» Никита Гирин.
Эти фамилии склоняются (и мужские, и женские), как соответствующие нарицательные существительные.
